海南日报报业集团实行党委负责制，设有采编、经营、行政、报刊及客户端、网站等板块。

采编板块下设海南日报社全媒体编辑中心（编辑中心、时事部、理论评论部、新媒体部、摄影部）、政文新闻部、经济新闻部、记者部（海口新闻中心）、三亚新闻中心、东部新闻中心、西部新闻中心、中部新闻中心、专刊副刊部、新闻研究所、海南省融媒体中心。

经营板块下设集团全媒体运营中心、发行中心、印刷厂、海南日报房地产发展有限公司、海南日报文化投资管理有限公司、海南迪力酒店管理有限公司、海南日报印刷科技发展有限公司。

行政板块下设集团党委办公室（集团办公室）、机关党委、组织人事处、财务管理中心、纪检监察审计办公室（机关纪委）、信息中心、工会、经管办、编委办、老干办、法律事务室、后勤保障中心。

旗下报刊有《海南日报》《南国都市报》《法治时报》《海南农垦报》《证券导报》《海岸生活》杂志和海南省图片社。

客户端及网站有海南日报客户端、新海南客户端、南海网客户端和南海网、海南国际传播网、海南乡村振兴网。